정부는 4대강 물관리 종합대책 추진을 강화하기 위한 대책의 일환으로 국무총리실 주관하에 환경부, 행정자치부, 건설교통부, 농림부, 산림청 등 관계기관이 참여하는 관계부처 합동 4대강 비점오염원 관리 종합대책을 확정하여 발표하였다. - 이제까지 주로 공장·건축물 등 '점오염원' 위주의 수질관리정책이 추진됐으나, 앞으로는 도로·도시·농경지 등에서 빗물과 함께 배출되는 '비점오염물질'을 줄이기 위한 대책도 본격적으로 추진됨. - 이번 종합대책은 비점오염원 관리분야를 크게 제도개선, 시범설치 및 관리, 조사·연구(홍보) 등 3개 분야로 구분하여 추진하되, 2020년까지 3단계로 나누어 1단계('04~'05년)는 제도개선 및 시범사업, 2단계('06~'11년)는 수계별 소유역 단위의 최적관리 사업, 3단계('12~'20년)는 전국적으로 본격 추진됨.
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