과학기술부는 2005년도 예산 및 기금운용계획안을 올해 대비 30% 증가된 2조 2,825억원으로 편성하였다. 내년도 예산안의 주요 특징으로는 부총리 부처로 새롭게 출발하는 과학기술부가 부여된 임무를 충실히 수행할 수 있도록 기획.조정.평가역량을 대폭 확충하였다. 또한, 과학기술계 연구회의 '05년 예산 7,069억원을 국가과학기술위원회로 이관 받아 과학기술혁신정책과의 연계성을 강화하고, 원자력 평화적 이용과 안전성 강화 예산을 크게 확충하였다.
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