2004년 9월 23일부터 10월 5일까지 과학기술부가 설문조사한 결과에 따르면, 새로 출범되는 과학기술혁신본부가 국가기술혁신체계 구축에 기여할 것이라는 의견이 일반인 70.2%, 전문가 84.6%, 공무원 77.0%로 '차이가 없을 것이다'라는 의견보다 현저히 많은 것으로 나타났다. 또한, 일반국민들(42.8%)은 과학기술혁신본부가 차세대 성장동력산업을 성공적으로 추진할 것으로 기대하는 한편 전문가(38.4%)와 공무원(35.4%)은 과학 기술정책의 기획.조정 기능에 대한 기대감이 큰 것으로 나타났다.
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