2004년 11월 4일 개최된 2차 당정회의에서는 그간 실무협의를 한 내용을 기초로 협의를 하여 부동산보유세제 개편방안을 당정간에 확정하였다. 이 날 회의에서는 (거래세 인하) 보유세제 강화에 앞서 거래세 부담을 완화하기 위하여 3가지 완화조치를 하기로 하였다. 첫째, 올해 중 지방세법을 개정하여 2005.1.1부터 부동산 등록세율을 1%P 인하하여 거래세 부담을 5%에서 4%로 낮춘다. 둘째, 행정자치부는 각 시.도가 자체여건에 맞춰 거래세를 추가 인하하도록 한다. 현행 지방세법상 지방자치단체는 행정자치부장관의 허가를 얻어 감면조례로써 지방세를 감면해 줄 수 있으며, 행정자치부는 각 시.도에 대하여 이 제도를 적극 활용하여 각 시.도의 실정에 맞게 부동산에 대한 취득세 또는 등록세를 추가 인하할 수 있도록 한다. 마지막으로, 2005년 상반기 중에 지방세법(또는 조례)를 개정하여 개인간 거래시 실거래과세에 따른 거래세부담 증가분에 대해 감면을 하도록 한다. 또한, 이 번 회의에서는 국세인 종합부동산세 과세대상 기준금액은 주택은 인별로 소유주택가액을 합산하여 국세청기준시가를 기준으로 9억원으로 하고, 나대지는 인별로 소유토지가액을 합산하여 공시지가를 기준으로 6억원으로 하며, 사업용토지는 인별로 소유토지가액을 합산하여 공시지가를 기준으로 40억원으로 하기로 하였다.
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