재정경제부와 행정자치부는 토지 공시지가 상향조정등에 따라 현행 보유세제를 개편하지 아니할 경우에 '05년의 세부담이 급증하게 되므로 개편을 통하여 세부담 증가를 절반수준으로 완화 위하여 보유세제 개편방안을 마련 발표했다. 재경부와 행자부는 보유세를 강화하고 거래세를 완화하는 이유로는 보유세 부담이 낮아 부동산을 사두는 것이 저축하는 것보다 수익측면에서 유리한 경우에 차별적인 조세제도로 인하여 투자나 자원 배분을 왜곡시키고, 부동산을 선호하게 하는 요인이 된다고 하였다. 또한, 거래세 부담이 높아(취득액의 5.8%) 원활한 거래를 제약하는 요인이 되고 이중계약서 작성 등의 문제가 발생한다고 하였다. 개편방안에 따르면 등록세를 3%에서 2%로 인하시 거래세 전체부담은 5.8%에서 4.6%로 세금액수는 20.7% 줄어들며, 건물, 주택은 과표인상을 감안하여 등록세율을 3%에서 1.5%로 인하시 거래세 전체부담은 5.8%에서 4%로 세금액수는 31% 줄어들 것으로 예상하였다.
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