농림부는 대내외적 여건변화에 대응하여 농협이 보다 근본적인 개혁을 통해 농업인에 실익을 주는 조직으로 변화해야 할 필요가 있으며, 법.제도의 개선을 통해 경영의 전문성.투명성을 제고하고 불합리한 관행 등 법이외의 개선과제도 개선 촉진해야 한다고 하였다. 농림부는 농협법 개정을 통해 중앙회장을 비상임으로 전환하되 총회.이사회 의장으로서 대표이사에 대한 인사권, 집행부에 대한 평가.감독권은 유지하며, 신용.경제사업의 분리 문제는 법 시행후 1년내 농협에서 세부추진계획을 작성.제출토록 추진키로 하였다. 한편, 농림부는 농협중앙회를 일선조합 경제사업 지원에 중점을 두기로 하였으며 이에 따라 농산물 유통.가공 등 경제사업이 활성화된 조합을 중심으로 중앙회가 각종 무이자자금을 집중지원하고, 평가시도 우대하기로 했다. 또한, 신용-경제사업간 순환보직을 단계적으로 제한하여 전문성을 제고키로 하였다. 유사 자회사 기능 통폐합, 임직원 보직공모제 실시, 파견인력 정비 등 자회사 경영혁신을 도모키로 하였다.
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