공정거래위원회는 삼성토탈의 조사방해와 관련하여, 시장의 규칙을 정한 법의 정당한 집행에 도전하는 행위로 받아들였으며, 이런 조사방해 행위에 대해 응징함으로써 향후 조사의 실효성을 높이고, 반복적인 조사방해 행위에 엄정하게 대처하기 위해 단기 및 중장기 대책을 마련하였다. 단기대책으로는 조사방해 행위 등을 한 기업에 대해서는 3년간 집중감시대상기업으로 선정하여 기업활동을 면밀히 감시하고 필요시 직권조사 등을 강화하기로 하였다. 위반사업자의 임직원이 조사방해 행위 등을 한 경우 20%이내에서 과징금을 가중할 수 있는 규정을 신설하고, 부당내부거래 직권조사 면제대상에 해당된다 하더라도 면제제도의 적용을 제외(3년간)하기로 하였다. 중장기 대책으로는 조직적이고 집단적으로 조사방해 등을 하는 행위로서 그 정도가 중대한 경우에는 해당 사업자나 임직원에 대해 형사처벌할 수 있는 근거규정을 공정거래법에 신설하는 방안을 추진하기로 하였으며, 사회적 해악과 소비자 후생 침해 효과가 매우 큰 카르텔 조사에 한해서 조사권을 강화하는 방안을 검토 중이다. 공정위는 단기대책은 내부지침을 마련하거나 관련고시를 개정하여 빠른 시일내에 시행하고, 중장기 대책은 관계부처 협의 등을 거쳐 추진하기로 하였으며, 조사방해 행위를 근절함으로써 조사의 실효성을 높이며, 시장공정거래질서를 확립하고 궁극적으로 소비자후생 증대에 기여할 것으로 기대하였다.
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