과학기술혁신본부는 과학기술혁신과 성장동력 확충을 통해 국민소득 2만불시대 진입을 견인하고 혁신주도형 선진경제사회 도약과 과학기술중심사회 건설을 선도하기 위해 혁신본부 출범과 함께 새롭게 구축해온 국가연구개발예산의 조정.배분 시스템을 정부 각 부처가 내년도 예산요구서를 제출하는 5월말부터 본격 가동하기로 하였다. 새로운 R&D예산 조정.배분 체제의 특징을 보면, 과학기술기본법 제9조에 근거하여 국과위(혁신본부)는 R&D 예산을 심의하여 조정.배분하고, 동법 제21조에 따라 예산처는 국과위의 조정.배분결과를 예산편성에 반영하기로 하였으며, 국가발전목표 및 투자방향에 따라 R&D예산을 전략적으로 조정.배분하기로 하였다. '06년도 R&D예산 중점투자방향은 신성장동력 확충, 기초.원천기술개발 및 연구인력 질적 제고, 지역혁신 역량 강화, 국가 잠재력 제고 및 삶의 질 향상, 연구기반 확충 및 과학기술 저변 확대이다. 10대 차세대 성장동력산업, 대형 국가연구개발 실용화사업, 21세기 프론티어 연구개발사업 등을 지원하고, 기초.원천연구에 대해 지속적 투자를 확대하기로 하였다. 안정적 연구환경 조성을 위한 기본사업비 단계적 확대를 지원하며, 첨단 국방기술 개발을 위해 국방예산중 R&D 비중을 확대하기로 하였다. '06년도 R&D예산 조정 기본방향은 선택과 집중의 원칙에 따라 '06년도 국가연구개발 투자방향에 따른 전략적 투자부문에 지원을 강화하기로 하였다. 민간투자가 활발한 분야 및 기존에 집중적으로 투자된 분야의 사업은 조정에 의하여 선별적으로 투자하고, 대형 연구개발사업 및 주요 현안사업에 대해서는 전문가 집중 검토를 통해 사업성과 극대화 관점에서 조정하기로 하였다.
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