6월 15일 최상철 교수, 서울시.과천시 의회의원 등 222명의 청구인단은 이석연 변호사 등 4명의 변호사로 구성된 대리인단을 통하여 "행정중심복합도시건설특별법" 전부에 대한 위헌확인 헌법소원을 헌법재판소에 제기하였다. 이에 대해 정부는 국회에서 특별법을 제정하는 과정에서 헌법재판소의 위헌결정내용을 반영하는 것을 최우선의 원칙으로 하여 충분한 법률적인 검토를 거쳐 법안을 심의.의결하였기 때문에 특별법은 위헌성의 소지가 없다고 하면서, 청구인들이 제시하고 있는 위헌사유들을 반박하였다. 특별법은 신행정수도법과 동일입법이므로 위헌무효라는 주장에 대해서는, 특별법은 신행정수도법과 비교할 때 핵심적인 사항을 수정했으므로 다른 법률이며, "행정수도"를 이전하는 것이 아니라, 행정기능 중심의 복합"도시"를 건설하는 것이다. 중요한 국가정책과 관련된 법률이므로 국민투표가 필요했다는 주장에 대해서는, 국민투표 부의여부는 대통령의 재량행위라는 것이 법률전문가 다수의 의견이며, 공공기관 지방이전은 행정중심복합도시특별법이 아니라 국가균형발전특별법에 의해 추진하는 것이므로 행정중심복합도시특별법을 근거로 헌법소원을 제기할 수 없다. 납세자로서의 권리 등 국민의 기본권을 침해했다는 주장에 대해서는, 청구인들이 침해당했다고 주장하는 이익들은 대부분 기본권이 아닌 반사적 이익이거나, 헌법소원 제기요건인 침해의 자기관련성.직접성.현재성이 부족하며, 일부 침해가 있다고 하더라도 국가균형발전이라는 공익을 위해 감수해야 할 사회적 수인의 한계에 속한다. 정부는 조만간 특별법 주관부처인 건교부를 대리할 변호인단을 구성할 예정이며, 변호인단을 포함한 법률전문가들과 협의하여 이번 헌법소원에 적절히 대응할 계획이라고 밝혔다.
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