해양수산부가 1999년부터 올 6월까지 6년에 걸쳐 36억원의 예산을 투입해 우리나라의 갯벌생태계를 12개의 중점조사지역과 600여개의 일반조사지역으로 나눠 조사한 결과, 우리나라 갯벌 중 보존상태가 양호해 자연에 가까운 2등급 갯벌은 강화 남단, 서산과 태안, 함평과 무안, 압해도, 순천, 고흥, 여수 갯벌로 조사되었고, 3등급은 장봉도 및 동도, 서도, 강진갯벌이, 4등급은 증도갯벌로 조사되었다. 또한, 조사결과 우리나라의 갯벌면적은 전자해도의 도입과 더불어 GIS(Geographic Information System)를 활용한 측정결과, 기존 알려진 2393㎢보다 158㎢가 증가된 2550㎢로 파악됐다. 이는 새로운 갯벌의 생성에 의한 면적증가가 아닌 기존의 해도에 나타나 있지 않은 갯벌이 조사방법의 과학화에 따라 포함된 것으로 보였다. 갯벌의 경제적 가치를 측정한 결과 갯벌의 연간 가치 평균치는 ha당 3919만원이었고, 이중 수산물 생산가치가 1199만원으로 가장 높았으며, 보존가치 1026만원, 서식지제공가치 904만원, 수질정화가치 444만원, 여가가치 174만원, 재해예방가치 173만원의 순으로 나타났다. 갯벌에 대한 압력현황대응(PSR) 평가를 위한 압력지표 등을 기준에 적용한 결과 습지보호대상지역 34개, 습지개선지역 26개, 이용조정지역 9개의 단위갯벌로 나타났다. 습지보호대상지역은 백령도, 연평도, 교동도, 대이작도 등으로 상태가 양호하고 압력요인이 비교적 적은 지역으로 보호구역 지정과 더불어 관리정책이 시급하게 필요한 지역으로 조사되었고, 습지개선지역은 전남서부해안갯벌로 압력요인이 증가하고 있는 지역으로서 해역정화사업 및 해역이용 사업의 조정이 필요한 지역으로 조사되었다. 이용조정지역은 경남지역의 통영시, 사천시, 낙동강 하구 주변 갯벌로 상태가 악화되고 있는 지역으로 상태악화를 방지하기 위한 대응이 필요한 지역으로 지적되었고, 중점조사지역인 강화도 남부, 가로림만, 새만금, 함평만, 압해도, 증도, 여자만, 강진만, 종달리 갯벌에서 나온 갯벌 생물은 총 687종으로 이중 규조류 117종, 염생식물 28종, 갯지렁이류 228종, 기타 무척추동물 68종, 어류 156종, 바다새 28종으로 나타났다.