남북당국은 판문점 연락관 접촉을 통해 9개 경협합의서 발효문본을 교환함으로써 남북해운합의서 및 부속합의서의 효력이 발생했다고 5일 오후 발표했다. 이에 따라 그동안의 남북교역 특수성에 따른 불확실성을 크게 해소시킴으로써 남북 해상수송 활성화의 기폭제역할을 하게 되고, 남북한 경협물자의 안정적 수송은 물론 앞으로 북한지역 항만개발 및 선원양성 등 해운항만 분야 다방면에 걸쳐 남북협력이 본격화되는 계기가 될 것으로 전망되었다. 그동안 제3국적 위주로 운항됐던 남북간 항로가 이제 명실상부한 민족 내부항로로 인정되면서 남북의 국적선 위주로 운항될 수 있게 됨에 따라 앞으로는 남북운송에 적합한 국적선이 없는 경우 등을 제외하고는 외국적선 용선 필요성이 사라져 국적선 활용도를 높힐 수 있게 되면서 외국적선 용선료를 절감할 수 있게 되었다. 또한, 남북한은 관할 항만에 기항한 상대방 선박에 대해 항만사용료, 하역 및 항만서비스에 대해 자기측 선박과 동등한 대우를 하게 되어 북한을 기항하는 우리 선박의 항비부담이 줄어들 전망이고, 남북한은 상대지역에 기항한 선원.여객의 신변안전과 무사귀환을 보장하게 되며, 상대측 해역에서 해양사고 또는 긴급환자 발생시 긴급피난을 보장하고 필요시 공동구조와 해양오염 방제도 실시된다. 그러나, 합의서 발효후 남북간 해상물동량은 북한의 항만시설 낙후와 화물창출 기반 취약으로 수송물량의 급격한 증가는 기대할 수 없을 것으로 보였으며, 모래와 지하자원, SOC 건설자재 및 장비 등은 큰 폭의 상승세를 보일 것으로 전망되었다. 우선 매장량이 세계 1위((36억톤)인 마그네사이트의 채굴이 본격적으로 이루어지면 연간 약 300만톤에 이르는 물량이 해상으로 수송될 예정이며, 남한내 연안지역의 모래채취 금지 등으로 북한모래, 특히 해주산 모래의 반입은 지속적으로 늘어날 것으로 전망되었다. 해양부는 이번 남북해운합의서 발효가 남북해상 수송 활성화의 계기는 되지만, 우리나라 연안선대는 남한지역의 단거리 항로 운항위주로 구성되어 있고 경쟁력도 취약한 실정이라서 해결과제들은 많이 남아있다고 밝혔다. 해양부는 이번 합의서 발효를 계기로 민족간 내부항로가 남북경협의 주된 운송루트가 되고, 이를 통해 남북 해상교역을 발전돼 궁극적으로 통일의 초석이 되도록 하겠다고 말했다.