환경부는 2005년 6월 중 유역(지방)환경청과 지자체로 하여금 전국 소재 감염성폐기물 배출기관 9,966개소를 대상으로 감염성폐기물 보관 및 처리기준 준수 여부에 대한 특별점검을 실시한 결과 145개소의 위반업체를 적발하여 고발조치 및 행정처분 하였다. 이번 적발된 업체 중 배출자신고(기본적처리증명) 미이행 또는 액상폐기물을 적정 처리하지 않은 5개 병.의원은 사법기관에 고발조치 하였으며, 적정 전용용기 미사용 등 74개 병.의원에 대하여는 과태료(300만원 이하)를 부과하였다. 환경부는 이번 고발조치 또는 과태료 부과 대상 79개 병.의원 및 보관표지판 미부착, 보관장소 청결상태 미흡 등 경미한 사항으로 시정명령을 받은 66개 병.의원 등 총 145개 위반업체에 대하여 철저한 사후관리로 지적사항 시정여부를 확인할 계획이라고 밝혔다. 또한, 대한의사협회 등 배출자단체로 하여금 전국 병.의원을 대상으로 감염성폐기물 적정 관리에 대한 교육.홍보를 강화토록 하고, 앞으로도 주기적인 지도점검을 실시하여 감염성폐기물이 보다 적정하게 보관.처리될 수 있도록 중점 관리해 나갈 계획이다.
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