환경부는 '06년 중 "전국 생태통로 기본계획"을 수립하여 생태통로 설치 및 사후관리의 체계화 및 설치 주체간 연계성 제고를 도모하기로 하였다. 백두대간 국도에 설치.운영중인 생태통로에 대하여는 지속적인 모니터링 등 사후관리를 강화하고, 지방도에 설치한 생태통로에 대하여는 관할 지자체에 기능유지를 철저히 하도록 유도하며, 필요시 지방청으로 하여금 지자체와 합동으로 모니터링을 실시토록 지시하였다. 또한, 로드킬 조사를 지속적으로 실시하고, 조사결과를 향후 생태통로 설치 계획 등에 반영하며, 신규 건설되는 도로건설사업에 대한 환경영향평가 협의시 생태통로 설치 조건부협의 및 협의사항 이행여부 등 사후관리를 강화하기로 하였다. 건설교통부와 도로공사는 '06년 1월부터 시행예정인 환경친화적인 도로건설지침에 따라 보전가치가 있는 지역은 우회하거나 주변 환경과 어울리도록 터널.교량 등의 설치를 유도하고, 기존 국도.고속국도에 대한 생태통로 정비 추진을 지속하기로 하였다.
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