건설교통부와 행정중심복합도시건설추진위원회는 9월 26일 대리인인 법무법인 태평양을 통하여 행정중심복합도시를 건설하기 위하여는 국민투표를 거쳐야만 한다는 청구인측 보충서에 대한 반박의견서를 헌법재판소에 제출하였다. 건교부와 추진위는 청구인측 주장에 대한 의견서를 7월 18일 제출한 데 이어, 서울시와 과천시의 주장을 반박하는 보충의견서를 8월 24일 제출하였으나, 청구인측에서 국민투표가 반드시 필요하다는 취지의 보충의견서를 9월 1일 헌재에 제출함에 따라 이 주장의 부당성을 반박하기 위한 추가보충의견서를 다시 제출하게 되었다. 청구인측은 행복도시 건설이 "공사기간 및 규모, 집행과정, 완성이후 후손에 미치는 영향 등을 고려할 때 헌법 제72조의 국가안위에 관한 중요정책에 해당한다"고 주장하나, 헌법 제72조의 "기타 국가안위에 관한 중요정책"은 외교.국방.통일에 준하는 정도의 국가의 안전보장에 관계되는 중요정책에 한정되는 것이지, 중요정책이거나 국민적 논란이 있다는 이유로 정책을 국민투표에 붙일 수 있는 것은 아니다. 청구인측은 "국민투표의 대상인 특정 국가정책이나 법안을 국민투표에 자의로 부의하지 않는 것은 헌법상 대통령의 의무를 위반하는 것"이라고 주장하고 있으나, 단순히 "국민투표에 붙일 수 있다"고 규정하지 않고 "대통령은 필요하다고 인정할 때에는 … 국민투표에 붙일 수 있다"고 규정한 헌법 제72조의 문언 해석상 중요정책을 국민투표에 부의할지 여부는 대통령의 재량행위라는 것은 의심의 여지가 없다. 건교부와 추진위는 전 국민의 관심사항인 행정중심복합도시건설에 대한 정책적인 찬반토론은 가능하고 바람직하나, 이를 사법심사의 대상으로 삼아 법정에서 다투거나 국민투표에 부의하는 것은 권력분립 원칙과 대의제의 정신을 크게 훼손하고 국론분열을 초래할 수 있으며, 행정중심복합도시 건설은 일부에서 악의적으로 주장하는 것처럼 수도권을 끌어 내리려는 햐향평준화 정책이 아니라, 수도권과 지방이 함께 발전하기 위한 상생의 윈-윈정책임을 강조하였다.
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