정부는 '06년 건설교통부 소관예산으로 17조 4,493억원을 편성하였으며, 이는 '06년 정부전체 예산(일반회계 기준 145.7조원)의 11.9% 수준으로 '05년 예산(18조 899억원)보다 3.5% 감소된 규모라고 밝혔다. 이번 '06년 예산안은 작년부터 도입한 총액배분-자율편성(Top-Down)제도에 따라, 기획예산처가 정한 지출한도(17조 138억원)에 입각한 건교부의 요구 및 기획예산처의 심의과정을 거쳐 편성된 것이다. 고유가, 내수경기 부진에 따른 세입여건과 복지, 자주국방 등 타 분야 재정소요가 증가함에 따라 SOC 주무부처인 건설교통부 내년 예산이 금년보다 3.5% 축소 편성되었으나, 행정중심복합도시 건설(453억원), 공공기관지방이전 지원(20억원) 예산을 편성함으로써 참여정부의 국정과제인 국가균형발전 시책을 본격적으로 견인할 예정이다. 도로는 지역을 연결하는 신규 사업은 최대한 억제하고, 국도대체우회도로(7,266억원) 등 교통수요가 많은 도시지역 투자를 확대하며, 민간자본 투자 등 다양한 투자재원으로 대처하고, 철도부문은 경부고속철도(3,400억원) 등 장거리.대용량 수송, 광역철도(4,252억원) 등 대도시권 수송을 위한 투자를 확대하기로 하였다. 수자원부문은 홍수예방을 위해 국가하천정비사업(3,200억원) 등을 지속 추진하고, 댐 안전성 제고를 위한 시설개선 사업도 병행하기로 하였다. 공항부문은 인천공항 2단계(3,011억원)를 '08년 완공 목표로 추진하고, 지방공항은 감소하는 항공수요를 고려하여 투자규모를 축소하기로 하였으며, 주택부문은 저소득 서민층의 주거안정 개선을 위한 국민임대주택 건설을 차질 없이 지원(8,989억원)하기로 하였다. 정부(안) 국회제출(9.30) 이후 국회심의과정을 거치게 되며, 그 과정에서 부족한 SOC축적(Stock), 국가물류비 등을 고려, 인천공항 2단계 등 주요국책사업의 추가재원 확보 필요성이 제기될 것으로 전망되었다.
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