2006년도 R&D분야 예산안 및 기금운용계획안이 올해보다 15.0% 늘어난 8조9729억원으로 편성되었고, 이는 과학기술혁신본부가 지난해 10월 새로운 과학기술행정체제 출범이후 처음으로 R&D예산을 조정 및 배분함에 따른 것이다. 내년도 R&D예산 증가율(15.0%)은 2002년 이래 가장 높은 수준으로서 총지출(6.5%), 복지(10.8%) 및 국방(9.8%) 등의 증가율을 훨씬 상회하며, 최근 미국, 일본 등 주요 선진국들의 R&D예산 증가율이 둔화되고 있는 추세임을 감안할 때 우리나라의 2006년 R&D예산 증가율은 이례적으로 높은 수준이다. 특히 국채 발행(2,700억원)을 통해 차세대 성장동력, 대형연구개발 실용화 등 경제적 파급효과가 큰 사업에 우선 지원하도록 함으로써 미래성장동력 확충의 전기를 마련하게 되었다. 새로운 과학기술행정체계에 따라 과학기술혁신본부가 수행한 2006년도 R&D예산의 조정 및 배분은 전 세계에 유례가 없는 참여정부의 대표적인 정책 혁신사례로서, 앞으로 과학기술혁신본부는 과학기술혁신, 미래성장동력 확충 등을 통해 국민소득 2만불시대 진입의 견인차 역할을 담당하게 될 것으로 기대되었다.
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