과학기술부는 2006년도 예산 및 기금운용계획안을 금년대비 20.2% 증가된 3조 207억원으로 편성하였다. 예산부문은 '05년 1조 8,720억원에서 '06년 2조 1,277억원으로 13.7% 증가하였고, 기금부문은 '05년 6,408억원에서 '06년 8,930억원으로 39.3% 증가하였다. 내년도 예산안의 주요 특징으로는 부총리 부처로서 새로운 국가과학기술혁신체제 구축의 소명을 다할 수 있도록 기획.조정.평가역량을 제고하고, '07년 국산 소형위성의 국내 자력발사능력 확보 등 우주기술개발사업 대폭 확충하였으며, 과학기술계 출연연구기관의 안정적 연구비 지원과 전문성 제고를 위한 예산을 확대 반영하고, 미래성장동력, 대형연구개발 실용화 등 경제적 파급 효과가 큰 사업지원을 위해 국채 발행(2,700억원)을 하였다. 주요 반영사업으로는 대덕연구개발특구의 연구성과 사업화, 국제화 등을 지원하여 이 지역을 10년내 세계 초일류 혁신클러스터로 육성하기 위해 '대덕 연구개발특구 육성'에 250억원을 지원하고, '연구실 안전환경 조성에 관한 법률('05.5.31 공포)'에 따라 연구실 안전검사체제를 구축하고, 우수한 안전환경 시설 및 체제를 갖춘 모범연구실을 선정.지원하여 벤치마킹 사례 제공 등 연구실 안전환경 기반을 구축하기 위해 '연구실 안전환경 기반 구축'에 10억원을 지원하기로 하였다. 또한, 정부 출연연구기관 연구실을 주축으로 지역대학, 기업체가 공동으로 참여하는 협력연구실을 운영하여 산학연 협동연구, 기술지원 등 미래 지역산업을 선도하기 위해 '산학연 협력연구실 사업'에 35억원을 지원하고, KAIST가 세계적인 대학으로 성장할 수 있도록 세계적인 교수 확보, 수요자 중심의 교육.연구, 국제적 수준의 인프라 구축 등을 통한 국제경쟁력 확보를 위해 '한국과학기술원 Globalization Project'에 200억원을 지원하기로 하였다. 한편, 국민의 과학기술에 대한 관심 및 이해도 제고, 과학기술문화 확산에 기여하기 위해 지방과학관 BTL 사업을 추진하여 인천 어린이과학회관, 아산 장영실과학관, 창원 청소년과학체험관 등 3개 과학관을 설립하기로 하였다.
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