시장경쟁의 반칙여부를 결정하는 공정거래위원회 심의.의결의 절차적 정당성을 확립하는 것은 선진시장경제로 가기 위한 과제이며, 공정위는 사건처리 과정에서의 절차적 정당성확보에 높은 우선순위를 두고 각종 제도개선을 추진하기로 하였다. 공정위는 '03년 12월 '시장개혁 3개년 로드맵' 수립 이후 공정거래법 개정('04년 12월)과 함께 심결 등 사건처리절차 개선을 위한 작업을 지속적으로 추진하였으며, '04년 11월 사건처리 실명제를 도입하였다. '04년 12월 1일 사전심사청구제를 도입하였고, '05년 5월 신고 접수 및 처리상황의 실시간 안내서비스를 제공하였으며, 법위반행위 판단기준을 구체화하여 최근 공정위 시정조치에 대한 순응도 향상으로 이의신청 및 소송제기율이 점차 감소하였다. 공정위가 심결제도 개선을 위해 검토 중인 과제로는 동의명령제도, 심판관제도, 심의준비절차, 사건처리절차 법제화가 있다. 동의명령제도는 법위반 사업자와 행정부가 공정거래법 위반행위 시정에 대해 합의가 이루어지면 사건을 종결할 수 있는 제도이며, 현재 동의명령제도 도입 가능 여부와 구체적 도입방안에 대한 연구용역 수행 중이다. 공정위의 심판에 대한 객관성과 공정성을 담보하면서 피심인의 기본 권리를 보장하는 수단의 하나로 심판관제도 도입을 검토하고, 외국의 심판관 관련 제도 및 법령 비교·분석 작업과 함께, 관련 전문가들로 구성된 연구회를 통해 도입가능성 및 방안을 논의 중이다. 심의속개제 등을 통해 피심인의 변론권을 확대하였으나, 심의과정에서 새로운 쟁점이 제기되거나 사건이 복잡한 경우에는 피심인이 이에 충실히 대응하기 어렵다는 지적이 제기됨에 따라 위원회 심의전에 심사관과 피심인간 상대방 주장에 대한 공방이 충분히 이루어지도록 하는 심의준비절차를 도입하여 피심인의 변론권보호를 강화하는 한편, 쟁점을 명확히 하여 위원회 심의의 효율성을 제고하기 위해 내.외부 전문가 의견수렴 중이다. 또한, 공정위는 피심인의 절차적 권리강화를 위해 현재 공정위 고시(사건처리절차규칙)에 규정되어 있는 내용 중 일부를 법령으로 이관하고, 현재 일본 공정위 규정, EU규정 등 외국사례와 형사소송법, 민사소송법 등 국내 관련 법령들을 비교 분석하는 한편, 사건처리절차 개선연구회를 통해 구체적인 방안 논의 중이다.