환경부는 현행 BOD나 COD로 대표되는 수질환경기준을 국민건강과 물의 생태계 관리 중심으로 바꾸고, 수질환경정책도 유해물질로부터 안전하고 생태적으로 건강한 물환경 조성에 초점을 둘 계획이라고 밝혔다. 새로운 수질 환경기준을 보다 과학적이고 국민이 바르고 쉽게 이해할 수 있도록 개선하고, 선진국에서 시도하고 있는 다양한 평가방법도 도입키로 했다. 그동안 논의된 내용 및 연구결과에 따르면, 새로이 정해질 수질환경기준의 주요 내용과 방향은 난분해성.유해성 화학물질이 급증함에 따라 BOD와 COD 중심의 단순지표에서 국민건강과 생태계 보호를 위한 수용체 중심의 평가지표로 종합화, 과학화 하고, BOD 등 유기물질 지표만 가지고 Ⅰ등급을 제외한 수질은 좋지 않은 수질이라 생각하는 오해를 해소하고 국민이 등급별 물환경 여건을 바르고 쉽게 이해할 수 있도록 수질상태를 체계화, 구체화 하였다. 한편, 호소의 경우 오염원이 전혀 없는 청정한 호소인 경우에도 썩은 나뭇잎 등 자연유기물질이 유입되면 COD가 2ppm내외가 된다는 점을 고려하여 현재 과도하게 강화되어 있는 호소 COD 기준이 현실화되고, 녹조발생의 직접적 지표인 클로로필-a가 호소기준에 추가되며, 앞으로 2006년 10월까지 진행되는 3차년도 연구조사에서는 계량화된 다양한 생물지수 개발, 총유기탄소 측정법 도입여부, 퇴적물 관련기준 개발 등을 추진하여 수질환경기준에 추가시킬 예정이다. 환경부는 수질환경기준이 새롭게 바뀌면, 수질환경정책과 상수원의 관리목표도 국민건강과 생태계 건전성 중심으로 크게 바뀌고, 예산투입 등에도 변화가 따를 것으로 예상하였으며, 상수원 원수부터 위해성에 대한 관리가 강화되어 안전한 수돗물에 기여할 뿐 아니라, 물에 대한 국민인식도 달라질 것으로 기대하였다. 환경부는 새로운 수질환경기준이 확정되면 그에 맞춰 현재 수립중인 향후 10년간의 물환경정책을 담을 "4대강 대권역 수질보전기본계획"의 방향을 설정하며, 새로운 수질기준은 2006년 관계 법령을 개정하고, 빠르면 2007년부터 시행할 예정이라고 밝혔다.
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