과학기술부는 '기초연구진흥종합계획 실행을 위한 추진체계 정비', '첨단 정보 및 연구시설.인프라 확충에 노력', '사업 관리.평가 혁신을 통한 연구생산성 제고', '사업예산의 조기집행과 디지털 과제관리'를 중점 추진하는 "2006년도 기초과학연구사업 시행계획"을 발표하였다. 세부사업별 시행계획을 보면, '특정기초연구사업'은 과학기술 전 분야의 기초연구 및 학제간 소규모 공동연구를 지원하여 연구역량을 강화하기 위해 과제당 연간 최대 1.2억원을 최장 5년간 지원하기로 하였다. '우수연구집단 육성사업'의 우수연구센터(SRC/ERC)사업은 센터당 연 9.8억원 내외를 최장 9년간(3+3+3년) 지원하고, 기초의과학센터(MRC)사업은 센터당 최장 9년간(2+3+4년) 단계별(1단계 3억원, 2단계 5억원, 3단계 10억원)로 구분 지원하며, 국가핵심연구센터(NCRC)사업은 센터당 연 20억원 내외를 최장 7년간(1+3+3년) 지원하기로 하였다. '창의적연구진흥사업'은 창의적 아이디어 및 지식을 지닌 차세대연구자를 발굴하여 세계적인 연구리더로 집중 육성하기 위해 과제당 연간 5~8억원을 총 9년간(3+3+3년) 지원하고, '최고과학자연구지원사업'은 세계 최고수준의 국내.외 과학기술자를 소수정예로 선정.특별관리하여 국가의 과학기술 위상과 미래 경쟁력을 제고하기 위해 연 30억원 내외를 최장 5년간 지원하기로 하였다. '기초연구기반 구축사업'에는 특성화 장려사업, 첨단연구장비구축사업, 방사광가속기 공동이용연구사업, 국가 e-Science 기반구축사업, 글로벌 과학기술협업연구망(GLORIAD) 구축사업, 초전도핵융합연구장치(KSTAR) 개발.운영 사업, 국제핵융합실험로(ITER) 공동개발사업이 있다. 과기부는 '사업의 전 주기적인 지원체계 강화', '연구의 질을 제고하는 생산적 평가제도 구축', '융합연구 활성화 및 성과 제고', '연구과제 관리의 수요자 지향적 개선', '투명하고 체계적인 연구관리 유도' 등의 제도개선 방향을 확정하고, '각종 시책.계획에 대한 정책홍보 강화', '언론매체에 대한 부처.전문기관.연구자의 협력홍보 강화', '연구성과에 대한 국민적인 관심과 이해 확산' 등의 홍보계획을 세웠다.