과학기술부는 "2006년도 특정연구개발사업 시행계획"을 발표하였다. 특정연구개발사업은 미래원천.핵심기반기술 및 대형복합.공공원천기술 등의 전략적 개발을 통한 국가경쟁력 강화와 국민 삶의 질 향상에 기여하기 위한 연구개발사업으로 '82년부터 '05년까지 5조 5,499억원을 투입하였으며, '06년에는 5,228억원을 투입할 예정이다 주요 분야별 연구개발 계획을 보면, BT분야는 '생명공학 기술수준 제고 및 바이오 기반 확충', '바이오 신약과 장기분야의 세대 성장동력 확보', NT분야는 '나노기술종합발전계획에 의한 나노기술 본격 추진', ST분야는 '우주의 평화적 이용을 위한 기술개발', '한국 최초의 우주인 배출사업', 공공분야는 '환경오염 저감 및 대체에너지 기술개발', '물부족 문제에 대비한 수자원 확보 기술 개발'이다. 사업별 세부 시행계획을 보면, '21세기 프론티어연구개발사업'은 미래원천기술, 공공원천기술 등 강점분야를 전략적으로 선택하여 세계 초일류기술을 확보하고 고부가가치 신산업 창출 기반 마련을 위한 장기 대형 연구개발사업으로 10년간 매년 사업단별 약 80~100억원을 지원하기로 하였고, '차세대 바이오신약.장기 개발사업'은 2012년까지 수출 200억불 달성을 목표로 바이오신약.장기분야 핵심제품을 개발하기 위해 계속 4과제에 155억원을 지원하기로 하였다. '나노.바이오기술개발사업'은 21세기 신산업.신기술 혁명을 주도할 나노 및 바이오분야의 핵심원천기술을 개발하고 관련 인프라를 확충하기 위한 중장기 연구개발사업이며, 2010년까지 나노기술 선진 5대국, 생명공학 선진 7개국 수준의 기술경쟁력을 확보하기 위해 나노 기술개발사업은 4개 세부사업(계속)에 57억원을 지원하고, 바이오 기술개발사업은 계속사업 27과제, 신규사업 6과제(예정)에 476억원을 지원하기로 하였다. 과기부는 '성과중심의 목표설정 및 평가 관리', '평가의 신뢰성 및 효율성 제고', '투명하고 체계적인 연구관리체계 구축', '연구비의 조기집행과 효율적 일정 관리' 등으로 연구사업을 관리하고, '연구사업의 입체적.지원체계 강화', '연구현장에 입각한 연구관리제도 개선', '지방의 연구역량 제고 및 여성과학자 활용 촉진' 등 제도개선을 추진하기로 하였다.