종합부동산세는 국세청과 건설교통부에서 발표하는 공사가격을 기준으로 과세하며, 공시가격은 매년 1월 1일을 기준으로 부동산의 가격을 조사.평가한 것이다. 따라서, 공시가격은 이미 실거래가가 반영(시가의 80% 수준)된 가액이므로, 2006년부터 부동산 거래시 실거래가를 신고한다고 하여 공시가격이 오르고, 그에 따라 종합부동산세 과세대상자가 늘어나는 것은 아니다. 다만, 부동사가격이 상승하는 경우에는 공시가격에 올라가게 되나, 부동산가격이 인정되어 가격이 하락하는 경우에는 종합부동산세 과세대상자가 줄어들게 된다.
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