해양수산부는 마산만, 광양만 등 오염이 심한 해역에 대해 관계부처 합동으로 관리기본계획을 수립하여 체계적으로 관리하고, 육상에서 바다로 내려오는 오염물질을 적극 통제하기 위한 오염총량관리제를 적극 추진키로 했다. 또한, 해양부는 그동안 국가어항으로 한정했던 해양폐기물 수거사업도 전국 지방어항까지 실시하고 해양폐기물 전용소각로 보급도 확대하기로 했으며, 어장의 오염방지와 생산성 향상을 위해 어장관리도 해양여건 및 양식 수산생물의 특성에 맞게 친환경적으로 추진할 계획이다. 이를 위해 앞으로 5년 단위로 어장관리기본계획을 수립해 어장을 체계적으로 관리하고, 어장정화사업은 정화선박의 사용을 의무화하여 어장정화 업체의 무분별한 등록과 시공을 사전에 방지하도록 하며, 어장환경보호를 위해 어장관리법도 개정, 저강도 스티로폼 사용규제와 폐그물, 밧줄 등 어장투기금지를 제도화할 방침이다.
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