국민일보는 12월 12일 "경기개발연구원 연구결과를 인용하여 수도권 공공기관 이전시 국내총생산(GDP) 최대 3조 2천억원 감소가 예상되고 경기지역 취업자 7만5420명, 서울지역 취업자 6만419명 감소한다"고 보도하였다. 건설교통부는 국토연구원 연구결과, 일자리는 수도권에서 감소하지만 지방에 약 13만개의 일자리가 창출되고, 지방에 연간 약 9조3천억원의 생산증대효과가 발생하고 약 4조원의 부가가치 유발효과가 발생한다고 밝혔다. 또한, 경기개발연구원의 연구결과는 특정모형을 이용하여 GDP 감소효과만을 강조하고 있고, 수도권 과밀로 인한 비용(교통, 환경, 주택난 등으로 인한 사회적 비용)은 고려하지 않고 있다고 해명하였다. 건교부는 공공기관 지방이전으로 인한 지역경제활성화와 같이 계량화하기 어려운 경제적 효과를 감안할 때 공공기관 지방이전은 부정적인 효과보다 긍정적인 효과가 큰 시책이라고 밝혔다.
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