노동부가 발표한 "퇴직연금 세제개편방안"에 따르면, 퇴직연금에 대한 과세는 부담금 불입단계, 적립금 운용단계, 퇴직연금 수령단계에서 이루어지는데, 기본적으로 불입단계 및 운용단계에서는 비과세하였다가 수령시 과세하는 체계(EET체계)를 취하는 것으로 나타났다. 단계별 세부내용을 보면, 부담금 불입단계에서는 퇴직연금제도에 대한 사용자의 부담금은 전액 손비 인정한다. 장부상 정립된 퇴직급여충담금에 대해서는 일정 범위(40%)까지 손비로 인정하고 있었으나, 퇴직연금 전환 유도차원에서 단계적으로 축소.폐지하고, 근로자의 추가 부담금(확정기여형의 경우)에 대해 개인연금저축과 합산하여 연간 300만원 한도까지 소득공제한다. 적립금 운용단계에서는 퇴직연금 전립금을 운용하는 과정에서 발생하는 (이자)수익에 대해 발생단계에서는 비과세한 후, 근로자가 퇴직급여(연금 또는 일시금)를 수령하는 단계에서 과세한다. 퇴직연금 수령단계에서는 연금으로 수령시, 국민연금, 개인연금 등 타 연금소득과 합산하여 연간 600만원 이상인 경우 종합과세하되, 일정한도에서 연금소득공제를 인정하고, 퇴직연금 도입을 지원하기 위해 소득세법령의 개정으로 연금 소득공제금액을 확대한다. 일시금으로 수령시, 퇴직금과 동일하게 과세, 즉 퇴직소득으로 간주하여 분류과세하고, 퇴직연금 도입에 따라 퇴직(일시)금에 대한 소득공제금액을 축소한다. 직장 이직시 퇴직급여제도로부터 수령한 일시금은 개인퇴직계좌(IRA) 또는 확정기여형(DC)로 이전.적립하는 경우 급여수령시까지 과세 이연하고, 퇴직연금 적립금을 중도 인출하는 경우(호가정기여형 및 IRA) 퇴직소득으로 간주하여 퇴직소득세를 부과한다.
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