기획예산처는 "2006년도 정부산하기관 예산관리기준"을 정부산하기관운영위원회 의결을 거쳐 확정(1.31)하여 시행(2.1)한다고 밝혔다. 방만 경영 방지를 위하여 '5대 예산관리 개선과제'를 포함한 정부산하기관의 예산편성과 집행에 관한 일반지침을 제시하였다. 주요내용을 보면, 정부산하기관의 인건비 인상률 상한(2%)을 처음으로 규정하였고, 연가보상비 등의 기본급 전환을 통한 편법적 임금 인상을 금지하였으며, 무이자 주택자금 지원, 대학생 학자금 보조 등 과도하게 지급되는 복리후생비 항목을 정비하였다. 업무추진비 집행시 유흥업소에서 결제가 되지 않는 클린카드 사용을 의무화하고, 기관장.임원의 업무추진비 사용내역을 분기별로 기관 홈페이지에 공개하며, 기관운영비, 잡비 등 여러 과목에 산재된 접대성 경비를 업무추진비에 일괄 편성하여 집행하기로 하였다. 기관장.임원의 연봉, 자산부채 규모, 외부감사결과 등 주요정보를 기획예산처 "공공기관 경영정보시스템(pubmis.mpb.go.kr)"을 통하여 국민에게 공개하고, 정부산하기관의 투명한 예산 편성.집행을 위해 정부예산과목수준으로 비목을 구분하여 예산서를 작성하기로 하였다. 장애인 등 사회적 약자 고용 미흡, 부당한 수의계약 체결 등 국회, 감사원, 경영평가단 등에 의해 지적되는 사항은 보완조치를 마련한 후에 예산을 집행하고, 2006년 정부예산의 절감 집행 취지에 따라 정부산하기관도 경상경비를 절감하도록 집행계획을 수립하며, 기본급, 기존 성과급, 절감재원 등에서 지급되던 인센티브성과급을 경영평가 인센티브예비비에 일괄 계상하여 집행함으로써 정부산하기관 경영평가 제도 정착을 유도하기로 하였다.
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