농림부는 "농산물 시장개방 확대 추세에 대비하여 금년에도 지속적이고 일관된 농정혁신을 추진하여 농업.농촌의 희망과 미래를 열어가겠다"는 내용으로 당정협의를 거쳐 2월 13일 2006년 주요업무계획을 발표했다. '농업개방 확대 적극 대응', '전문경영제 육성 및 소득.경영안정', '쌀 산업의 체질강화', '농축산물 유통 효율화 및 소비촉진', '소비자 지향적 농식품 안전관리', '도시민과 상생하는 복지농촌 조성' 등 6대 정책목표와 27개 이행과제를 추진하기로 하였다. 농림부는 DDA, 한.미 FTA 등 시장개방 확대에 대비하고, 쌀 협상, 미국산 쇠고기 수입재개 협상에 따른 후속대응과 부채대책 등 경영안전망 구축에 역점을 두고 추진하기로 하였다. 농업내부 양극화 해소를 위해 농가유형별 맞춤형 농정체계로 전환하고, 파워 브랜드 육성을 통한 소비자 신뢰 확보로 시장 경쟁을 극복하며, 도시민을 유치하여 농촌사회 활력을 회복하고, DDA/FTA 협상에서 최대한 실익을 확보하기로 하였다. 또한, 새로운 양정제도 정착, 수입쌀 유통 투명성 확보로 쌀산업을 안정시키고, 미국산 쇠고기 수입재개를 한우산업 발전의 새로운 계기로 활용하며, 개방확대로 인한 소득불안에 대비하여 소득.경영 안정장치를 강화하고, 농지매입 경영회생지원사업 실시로 근본적 부채문제 해결을 모색하기로 하였다.