환경부가 전국 지하수 오염현황과 수질변화 추세를 정기적으로 파악하기 위해 2005년 2,462개 지점을 대상으로 상.하반기에 걸쳐 지하수 수질조사를 실시한 결과, 총 시료수 4,760개소 중 230개(4.8%)가 수질기준을 초과하였으며, 측정망별로는 오염우려지역에서 82개소(5.6%), 일반지역에서 69개소(2.9%), 국가관측망에서 79개소(8.9%)가 초과하였다. 연도별 초과율은 전반적으로 증가하는 추세로 2004년에는 신규 추가된 일반세균 초과율이 높아 전체 초과율이 일시 증가했으나, 2005년에는 일반세균 초과지점의 시설개선 등으로 초과율이 약간 낮아진 반면, 상.하반기 모두 초과된 지점도 33개 지점으로 조사되어, 오염 지하수의 수질이 여전히 개선되지 않은 것으로 나타났다. 토지이용 형태별 초과현황을 보면, 오염우려지역의 경우, 공단지역(9/165, 5.5%) 및 도시주거지역(9/155, 5.8%)에서 TCE, PCE 등의 초과율이 높아 유기용제로 인한 오염이 심각하였으며, 폐기물매립지역 및 분뇨처리장 인근지역은 질산성 질소, 일반세균 등의 초과율이 높았다. 일반지역의 경우, 도시지역(43/1,387, 3.1%), 농림지역(19/679, 2.8%), 자연환경보전지역(7/352, 2%)에서 일반세균, 질산성 질소, 대장균군 등에 의한 초과율이 높았다. 건설교통부에서 지하수 수위 조사 등을 위해 지역별 대표지점에 설치.운영중인 국가관측망의 초과율이 8.9%(79/882)로 나타났다. 지층별 초과율을 보면 충적층이 7.1%인 반면, 암반층은 9.9%로 암반층의 초과율이 높은 것으로 나타났고, 오염물질별로는 특정유해물질(10개)인 카드뮴.6가 크롬.납.수은.비소 등 중금속, 톨루엔.PCE 등 유기용제에도 오염된 것으로 조사되었다. 2005년도 측정망 운영결과를 분석해 보면, 기준 초과율은 4.8%이나, 지하수 특성상 대수층을 통해 다른 지역으로 오염이 확산된다는 점을 고려할 때 주변 관정도 오염되었을 우려가 커 실제 오염 관정은 상당히 광범위한 것으로 추정되었다. 오염우려지역 측정망과 국가관측망에서 특정유해물질의 초과율이 높아 오염원인 및 확산여부에 대한 정밀조사가 시급하고, 심도별 측정결과를 보면 오히려 심도가 얕은 충적층보다 심도가 깊어 덜 오염된 것으로 알려진 암반층의 초과율도 높아 오염이 암반층까지 확대된 것으로 판단되었다.