재정경제부는 8월 21일 "2006년 세제개편(안)"을 발표하고, 세제발전심의위원회 심의(8.21), 차관회의(9.14), 국무회의(9.19)를 거쳐 국회에 제출(9.28)할 계획이라고 밝혔다. 주요내용을 보면, '경제활력 제고를 통한 일자리 창출 지원', '중산.서민층 생활 안정을 위한 세제지원', '공평과세 실현을 위한 세원투명성 제고', '조세중립성 제고를 위한 비과세.감면 정비', '조세체계의 합리화.선진화'이다. 경제활력 제고를 통한 일자리 창출을 세제측면에서 지원하기 위하여 설비투자에 대한 조세지원제도 일몰연장, 기초 원자재에 대한 기본관세율 인하 등 '경기회복세 지속'을 지원, 연구개발 설비 투자금액 세액공제제도 일몰연장, 교육비 소득공제 확대 등을 통한 '성장잠재력 확충' 지원, 창업중소기업에 대한 감면제도 일몰 연장, 중소물류기업 구조조정 지원세제 신설을 통한 '중소.벤처기업 및 서비스산업' 지원을 하기로 하였다. 중산.서민층의 생활안정을 지원하기 위하여 근로연계형 복지정책인 근로장려세제(EITC) 도입, 무주택 근로자를 위한 주택보조금 소득세 비과세제도의 일몰을 연장하는 등 근로자의 세부담 경감, 성실사업자의 경우 표준공제를 근로자 수준으로 확대, 농수협 등 단위조합법인에 대한 당기순이익 과세제도의 일몰을 연장하는 등 농어민의 세부담 경감, 역모기지 대출이자비용에 대한 소득공제 등을 통하여 노인복지 지원 등을 하기로 하였다. 공평과세와 세제.세정의 선진화를 위해 '세원투명성 제고를 위한 시스템 구축', '세무행정 등 사후관리 강화', '사회적 감시기능 활성화'의 방향에서 종합적으로 접근하고, 신용카드 등에 의한 수입금액 증가분의 50%에 상당하는 세액을 공제하는 제도의 일몰을 연장하는 등 영세자영사업자의 세부담 경감방안을 병행 추진하기로 하였다. 재경부는 비과세.감면제도중 62개 제도를 정비대상으로 하여 34개 제도를 폐지하거나 축소한다고 밝혔다. '06년에 일몰이 도래하는 55개 제도중 28개 제도의 일몰을 연장하고, 27개 제도는 폐지 또는 축소하며, 일몰이 없는 제도중 7개 제도를 '06년에 폐지 또는 축소하기로 하였다.
