혁신도시특별법 관련 수도권 지자체장 국회 공동기자회견('06.9.7)에서 수도권 지자체장은 "수도권에서 지방으로 이전한 공공기관 이전적지(종전부동산)에 대해 건교부 장관이 직접 도시관리계획을 입안할 수 있는 조항은 삭제해야 한다"고 주장하였다. 건교부 장관이 지자체의 지역여건 및 도시관리계획 기본방향 등을 고려치 않고 지자체 고유권한을 침해하면서 일방적으로 도시관리계획을 변경한다면 도시 공간계획 체계는 근본적으로 와해되기 때문이다. 당초 특별법(안) 내용을 보면, 건교부 장관은 장기간 매각되지 않거나, 이전공공기관이 원하여 정부투자기기관이 매입한 종전부동산에 대하여 지자체장의 의견을 들어 활용계획을 수립하고, 종전부동산 활용계획 중 도시관리계획에 반영할 필요가 있는 경우에 지자체에 반영을 요구하며, 지자체가 반영하지 아니한 경우에 건교부 장관이 직접 도시관리계획 입안.결정한다. 건교부 장관의 도시관리계획 직접 입안.결정권에 대해 서울시에서 차관회의('05.8.10)에서 이의제기(삭제요구)하고, 국무조정실 조정(안)으로 국무회의 심의('06.8.29)를 거쳐 국회제출('06.9.4)하였다. 건교부는 "특별법(안)에서도 원칙적으로 도시관리계획의 입안.결정권한을 지자체가 가지도록 하였고, 건교부 장관이 직접 입안하는 것은 해당 지자체가 건교부 장관의 요구를 반영하지 아니한 예외적인 경우에 한한 것이며, 종전부동산 활용계획 수립시 기본적으로 관련 지자체의 의견을 듣고, 수도권 지자체장이 참여하는 수도권정비위원회의 심의를 거치도록 되어 있다"고 밝혔다. 건교부 장관이 도시관리계획을 입안하는 경우에도 "국토의계획및이용에관한법률"에 따라 주민 및 지자체의 의견수렴, 중앙도시계획위원회 심의 등의 절차를 거치는 한편, 수도권 지자체장이 우려하는 인구집중유발시설 신설 등의 문제는 "수도권정비계획법"에 따라 수도권 지자체 장이 참여하는 수도권정비위원회에 상정하여 심의하므로 충분히 해소될 것으로 판단되었다.
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