재정경제부는 8월 21일에 발표된 2006년도 세제개편(안)에 대하여 당정협의와 세제발전심의위원회 심의, 부처협의 및 입법예고 과정에서 제기된 의견을 일부 반영하여 9월 21일 차관회의에서 수정.의결하였다고 밝혔다. 2006년 세제개편안 수정사항을 보면, 중소기업의 생산성향상시설 투자금액 및 기술취득비용에 대한 세액공제율 차등화 유지를 하고, 중소기업의 생산성향상시설 투자를 촉진하며, 기술거래를 통한 연구개발성과의 사업화를 촉진하기 위하여 중소기업에 대한 공제율을 현행과 같이 7%로 유지하기로 하였다. 또한, 행정중심복합도시내 수용되는 공장 등의 양도차익에 대한 과세이연방법을 개선하고, 행정중심복합도시내 공장 등이 수용되는 사업자의 양도소득세 부담을 경감하기 위하여 개인사업자의 경우 대체 취득자산의 매각시까지 과세이연할 수 있도록 하며, 법인의 경우에는 분할과세기간을 연장하였다.
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