2007년부터 총사업비 500억원 이상의 신규 국가연구개발사업에 대하여 예산요구이전에 사업의 타당성, 사업계획의 충실성, 예측되는 사업성과 등을 국가과학기술위원회가 외부 전문기관에 의뢰하여 치밀하게 점검하는 "사전타당성조사"가 의무화된다. - 대형연구개발사업을 신규로 추진하고자 하는 중앙행정기관 및 출연연구소에서는 사전에 사업기획을 철저히 준비하여 예산요구 이전에 국가과학기술위원회가 주관하는 사전타당성조사를 반드시 거쳐야 되며, 타당성조사 결과 사업의 타당성과 효과성이 충분하다고 인정되는 사업들에 대해서는 국가과학기술위원회의 예신심의과정에서 우선적으로 예산이 반영됨. - "사전타당성조사" 제도의 도입으로 각 부처 및 출연연구기관들은 신규사업에 대한 사전기획을 강화하고, 국가과학기술위원회는 기획내용에 대한 외부검증을 강화함으로써 불필요한 사업추진을 예방하여 예산낭비를 줄이고 재정투자의 효율성을 높일 것임. - 과학기술분야는 불확실성이 높고 편익추정의 계량화가 어려워 기존의 분석기법(B/C분석 등)으로는 타당성 검증이 곤란하므로, 과학기술혁신본부는 예비타당성조사와는 별도로 "사전타당성조사" 제도의 도입을 추진하였으며, 2006년 8개 시범사업을 실시하여 제도운용을 위한 일반지침, 조사방법론 개발 등을 진행하였음. - 2007년은 사전타당성조사가 첫 시행되는 만큼 타당성조사제도의 안정적 정착을 위해 각부처 및 출연연구기관에 대한 제도설명회를 수시로 개최하고, 수요조사를 통해 상하반기 2회의 타당성 조사를 실시함으로써 중기사업계획심의, 예산심의조정배분 등과 원활히 연계.추진할 계획임.
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