환경부가 2006년도에 유역(지방)환경청 및 제주특별자치도를 통해 전국 산업단지 및 농공단지 폐수종말처리시설 128개소(국가 및 지방산업단지 51개, 농공단지 77개)에 대한 운영.관리실태를 점검한 결과, 양양포월 농공단지 등 7개소는 1회 내지 3회 방류수수질기준을 초과배출 하다가 적발되어 시설개선 등 행정처분을 받았다. - 128개소의 총 시설용량은 948,620톤/일로 2005년도 904,090톤/일보다 44,530톤/일이 증가하였으며, 평균폐수유입률은 60.1%로 2005년도의 57.6%에 비하여 다소 증가하였음. 산업단지 폐수종말처리시설(51개소)의 폐수유입률은 61.3%(2005년 58.8%)이며, 농공단지 폐수종말처리시설(77개소)의 폐수유입률은 40.7%(2005년 40.4%)로 각각 나타나 여전히 농공단지 시설의 폐수 유입률이 낮은 것으로 나타났음. 폐수유입률이 50% 이상인 시설은 총 57개소로 전년도(50개소)보다 7개소가 증가하였으며, 폐수유입률이 30% 이하로 저조한 시설은 총 46개소(산업단지 17개소, 농공단지 29개소, '05년 49개소)로 나타났음. - 처음으로 폐수종말처리시설의 운영 형태를 분석한 결과, 98개 시설은 자치단체에서 직접 또는 위탁으로 적정하게 운영하고 있으며, 나머지 30개 시설은 입법취지와 다르게 운영중인 것을 나타났음(재위탁운영 24개, 미기부체납 6개). 톤당 평균운영비는 산업단지 307원, 농공단지 940원으로 소규모인 농공단지가 상대적으로 운영비가 많이 소요되는 것을 나타났으며, 화성발안, 파주탄현, 연기소정, 음성소이, 사천송포, 제주 구좌.금능.대정, 원주동화, 영주적서, 포항청하 등 11개소는 시설 소규모, 폐수유입률 저조 등으로 인하여 톤당 처리비용이 3,000원 이상으로 매우 높게 나타났음. - 폐수종말처리시설을 효율적으로 운영하기 위해서는 관련 지자체의 적극적인 개선의지가 필요하다고 보고 시설 운영.관리 책임자인 지방자치단체와 지도점검기관인 유역(지방)환경청간에 자발적 협약체결 등 적정관리대책을 지속적으로 추진토록 조치하였음. 폐수유입률 저조, 폐수처리비용 과다 등의 처리시설은 개선대책을 수립추진토록 하여 효율적으로 폐수종말처리시설이 설치.운영될 수 있는 방안을 강구하도록 하고, 방류수수질기준을 초과한 양양포월 폐수종말처리시설 등 7개소에 대해서는 국고지원 등으로 시설을 개선하도록 하였음.