교육과학기술부는 기초기술연구회 및 소관 출연기관의 '09년도 정부출연금 예산규모는 7,003억원으로 '08년보다 1,102억원(18.7%)이 증가하였다고 밝혔다. - 기초원천연구 확대를 위한 출연연 신규 연구개발 36개 사업 증액분 774억원, PBS 개선을 위한 국가 R&D이관 9개 사업 증액분 398억원, 녹색성장 및 지역거점 연구개발 등 기존 추진사업의 증액분 656억원이고, 시설 완공 및 사업 종료 등으로 인해 726억원이 감액되었음. - 국가 R&D사업의 일부를 출연기관에 이관하는 등 출연기관의 안정적 연구환경 조성을 위한 인건비 지원 비율을 대폭 확대하였음. - 지역인재 활용 및 지역경제를 활성화하기 위하여 지역의 특색에 맞는 연구개발 예산을 전년 377억원에서 642억원으로 확대하였음. - 기초기술연구회 소관 출연기관의 다양한 기초원천연구를 활성화하기 위해 신규 연구사업을 24개 발굴하여 613억원을 지원하고, 이에 필요한 인프라를 구축하기 위해 관련 12개 시설사업에 161억원을 지원함.
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